Sterilizacija se provodi u sterilizatoru za instrumente, svrdla, freze, matrice, stezače, kvačice za koferdam, endodontski instrumentarij, setove za implantologiju, te kirurške platnene prečače, komprese, kape, nasadne instrumente. Korišteni instrumentarij uranja se u specijalne posude u kojima se nalazi dezinficijens koji snižava prisutnost bakterija za 90%. Na kraju radnog dana instrumentarij se prebacuje u ultrazvučnu kadicu gdje se djelovanje dezinficijensa pojačava ultrazvučnim vibracijama i temperaturom od 60-80 ° čime se provodi dodatno čišćenje i dekontaminacija.